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Deckungsberechnungsansatz für abgeschnittene Lesevorgänge

Deckungsberechnungsansatz für abgeschnittene Lesevorgänge


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Experiment: Deep Sequencing für Mutanten in 700nt Fragment. das DNA-Fragment wurde durch Primer, die das Fragment flankierten, gefolgt von hiseq. pro Basisabdeckung wurde berechnet durch coverBed -d -abam in.bam -b ref.bed > out.cov

Beobachtung: zwei unterschiedliche Spitzen in der Bedeckung an den Enden, wie unten dargestellt… Bedeckung vs. Positionen die Peaks werden aus Reads gemacht, die einen Teil von Primern haben… zeigen also auch weiches Clipping an den Enden… es gibt einen großen Unterschied in den Berechnungen, wenn ich solche Reads einbeziehe Und wenn ich sie ausschließe.

Frage: Gibt es jemanden, der mit einer solchen Situation umzugehen weiß?