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Was bedeutet „cov“ in einem durch Samt-Assembler generierten Contig-Namen?

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Ein Beispiel für einen Contig-Namen, der von Velvet Assembler generiert wurde:

NODE_127_length_39203_cov_244.873016

Was machtcov_244.873016bedeuten?

Das klingt nachAbdeckung. Bedeutet esliest Berichterstattungoder eine andere statistische Beschreibung des Contigs?


Es bedeutet k-mer-Abdeckung. Aus dem Samthandbuch:

4.2.1 Die Datei contigs.fa

Diese Fasta-Datei enthält die Sequenzen der Contigs, die länger als 2 k sind, wobei k die Wortlänge in Velvet ist. Wenn Sie a . angegeben haben min_contig_length Schwellenwert, dann werden die Contigs, die kürzer als dieser Wert sind, weggelassen. Beachten Sie, dass die Längen- und Überdeckungsinformationen im Header jedes Contigs daher in k-mers bzw. in k-mer-Überdeckung (vgl. 5.2 ) zu verstehen sind. Z.B. für ein 500bp-Contig und eine k-mer-Länge von 21 beträgt die Länge im Header 480.