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Wirkung der Hintergrundselektion auf Promotorregionen im Vergleich zu entfernten Enhancern?

Wirkung der Hintergrundselektion auf Promotorregionen im Vergleich zu entfernten Enhancern?


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Hat sich jemand die Auswirkung der Hintergrundselektion auf das Niveau der Konservierung von Promotorregionen im Vergleich zu entfernten Enhancern angesehen? Haben Promotorregionen aufgrund der Hintergrundselektion aus nahegelegenen Genen eine höhere Konservierung im Vergleich zu weiter entfernten Enhancerregionen?

Meine Versuche, danach zu googlen, brachten mir nur 2004 ein Drosophila-Papier über eine Umfrage zu einigen Genen:

http://mbe.oxfordjournals.org/content/21/2/374.full

Ich frage mich, ob dies schon einmal untersucht wurde oder ob es andere relevante Teile der Genetik gibt, die man zuerst in Betracht ziehen sollte.

BEARBEITEN: Ein bisschen mehr Erklärung für die folgende Hypothese und eine Referenz, die nützlich sein könnte:

Nehmen wir einmal eine Region in der Nähe eines kodierenden Gens an, die durch eine neue Punktmutation oder kleine Translokation regulatorisches Potenzial erlangen kann. Dieses neue regulatorische Potenzial muss nach seinem Auftreten positiv selektiert werden, oder es wird nach und nach weitere Mutationen ansammeln und verschwinden. Wenn die Region jedoch nahe genug am kodierenden Gen liegt, ist die Rekombinationsrate zwischen der Region und dem nahegelegenen Genkörper proportional zu ihrer Entfernung gering. Wird der Genkörper unter Selektionszwang angenommen, kommt es zu einem Trampeffekt der nahegelegenen Regulationsregion durch das nahe gelegene Gen. Die Hintergrundmutationen in der regulatorischen Region sind dann niedriger (niedrigere Hintergrundmutation) als in einer Region, die nicht in der Nähe eines Gens unter starker Selektionsbeschränkung liegt. Eine Möglichkeit zu erklären, warum nahe Promotor/Enhancer-Regionen stärker konserviert sind als entfernte Enhancer-Regionen, wäre einfach auf die Verknüpfung zurückzuführen.

Ein zweiter Teil der Hypothese wäre das Vorhandensein oder Fehlen von Rekombinations-Hotspots in stromaufwärts gelegenen Regionen einer kodierenden Region: Wenn nahe gelegene Promotoren/Enhancer über die Verknüpfung mit dem nächstgelegenen Gen gehalten werden, können unverzerrte Cross-over-Messungen (z. B. PRDM9-Experimente in Maus testis) sollte anzeigen, ob eine verstärkte Verknüpfung von funktionellen Genomblöcken, wie Enhancer/Promotor/Genblöcken (Hi-C-, 4C-, 3C-Daten) vorliegt, wohingegen, wenn die Rekombination keine Rolle spielt, regulatorische Blöcke nicht notwendigerweise vorliegen im gleichen Haplotyp-Block gehalten.


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