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Warum gibt es für einen einzelnen Influenza-Stamm mehrere Sequenzen für dasselbe Segment?

Warum gibt es für einen einzelnen Influenza-Stamm mehrere Sequenzen für dasselbe Segment?


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Ich betrachte das Genom des Influenzavirus, das im Grippeimpfstoff 2017-2018 verwendet wird: A/Michigan/45/2015.

Wenn ich mir unten die einzelnen Segmente ansehe, gibt es für jedes Segment 4 Sequenzen - sollte es nicht nur eine für einen einzelnen "Stamm" geben? Liegt das an den schnellen Mutationsraten? Oder ist es so, dass sie sowohl positive als auch negative Gefühle für das Virus beinhalten?

Edit: Entschuldigung, Link hier:

https://www.fludb.org/brc/fluStrainDetails.spg?strainName=A/Michigan/45/2015(H1N1)&decorator=influenza


Mir scheint, dass die Website, die Sie sich ansehen, hauptsächlich öffentlich verfügbare Daten von Genebank (dem NCBI-Repository für Sequenzdaten) verwendet und sie sammelt, um einen Überblick zu erhalten.

Für Ihre Frage bedeutet dies, dass es 4 verfügbare Sequenzdatensätze für den Influenza-Stamm A/Michigan/45/2015 gibt – sie sind wahrscheinlich sehr ähnlich, aber basierend auf der gemeldeten Segmentlänge nicht ganz identisch.

Oder ist es so, dass sie sowohl positive als auch negative Gefühle für das Virus beinhalten?

Wenn du das Positive und das Negative meinst Strand der DNA, dann nein - da die Sequenz dieser beiden immer komplementär ist, speichern die Genbank-Repositories nur die Vorwärtssequenz.

Sie können auch sehen, dass die 4 verschiedenen Datensätze ähnlich sind Beitrittsnummern:
KY117020 - 27 (Durchgang M1/C3)
KU509700 - 07 (Durchgang E1)
KU933490 - 07 (Durchgang E3)
KY090607 - 14 (Durchgang M1/IR)

Weitere Details zu diesen Beitritten finden Sie auf der Genbank-Website:

  • Es scheint, dass alle 4 Datensätze aus derselben Veröffentlichung stammen
  • … die anscheinend nie veröffentlicht wurde (also nicht online verfügbar ist), aber möglicherweise Teil eines WHO-Programms ist?
  • Der Hauptunterschied der 4 Datensätze, die ich finden kann, ist der Passage des Stammes. Ich bin kein Virologe, daher bin ich mir nicht ganz sicher, was es bedeutet, aber in der Zellbiologie beschreibt Passage die Zeit, in der sich eine bestimmte Zelllinie befunden hat (in vitro) Kultur.

Dies ist ziemlich typisch für Influenza und spiegelt die Mehrdeutigkeit der "Sequenz" wider, wenn es um schnell mutierende RNA-Viren geht. Solche Viren existieren als "Wolke" variabler Sequenzen; eine einzelne Influenza-Replikation enthält wahrscheinlich an jeder einzelnen Stelle des Genoms Varianten. Dies ermöglicht auch eine extrem schnelle natürliche Selektion des Virus, auch während Laborpassagen (die offensichtlich nicht mit infizierten Menschen durchgeführt werden, sondern in verschiedenen Zelltypen oder sehr häufig in Eiern vorkommen können).

Ein übliches Szenario für ein Influenza-Isolat (insbesondere eines, das wie MI/45 in Impfstoffen verwendet wird) wäre, jemandem die Nase abzutupfen, mit dem Tupfer ein Ei zu impfen, um ein Bestandsvirus herzustellen, diesen Bestand an mehrere andere Labore zu senden, Züchten Sie eine Untergruppe in Zellen, lassen Sie ein anderes Labor etwas in ihren Zellen oder Eiern wachsen und so weiter. Wenn es in Impfstoffen verwendet wird, könnte es zu einem Reassortant mit einem anderen (weniger virulenten) Rückgrat gemacht werden, aber die Oberflächengene würden immer noch als MI/45 bezeichnet. Jedes Labor sequenzierte das Virus, oft in mehreren Schritten in der Passage; und bei jedem Schritt besteht für das Virus die Möglichkeit, entweder einer Selektion zu unterliegen oder einfach abzudriften und seine Sequenz zu ändern. Oder natürlich, wenn sie sich nicht ändern und identische Sequenzen in den Datenbanken hinterlegt werden können, möglicherweise beginnend an leicht unterschiedlichen Punkten, abhängig vom Sequenzierungsprotokoll jedes Labors.

Viele Viren werden nur einmal sequenziert, vielleicht als Originalisolat oder als frühe Passage, weil es keinen Grund (oder Kapazität) gibt, sich die Zehntausenden von Isolaten, die jedes Jahr entnommen werden, genauer anzusehen, aber wo es einen Grund gibt, sich das anzuschauen ein Influenzavirus mehr als einmal vorhanden ist, besteht das Standardprotokoll darin, es bei jeder Verwendung neu zu sequenzieren. Ich kann garantieren, dass es weit mehr als nur 4 MI/45-Sequenzen gibt, wahrscheinlich sind es mehr als 400, die weltweit gedreht wurden, es macht nur keinen Sinn, sie alle zu hinterlegen.